L'infezione da Helicobacter innesca risposte infiammatorie e immunitarie, con degenerazione cellulare, necrosi e infiltrazione di cellule infiammatorie osservate nella sua mucosa gastrica infetta e nel siero possono essere rilevati anticorpi specifici.Helicobacter è associato a varie malattie come gastrite, ulcera peptica, cancro gastrico, linfoma del tessuto linfoide associato alla mucosa gastrica (linfoma MALT), dispepsia funzionale gastropatia associata a FANS e GERD.